Esimene vene tsaar, kes ei olnud Ruriku perekond, Boriss Godunov suri 53-aastaselt 13. aprillil 1605. Tema surm on ümbritsetud saladustega ja tänaseni vaidlevad ajaloolased selle üle, kas tema surm oli loomulik või vägivaldne.
Kroonikadokumendid näitavad, et surmapäeval nägi Godunov välja terve, sõi suure isuga ja ronis torni, kust armastas Moskvat uurida. Siis läks ta tema juurest alla, tundes end halvasti. Tsaari juurde kutsutud arst ei osanud midagi teha, tsaar veritses kõrvadest ja ninast, varsti oli Godunov kadunud.
Nagu kirjutas sel hetkel Vene autokraadi õukonnas viibinud Inglise suursaadiku Thomas Smithi üks esindajaist, tundis tsaar lisaks iiveldusele ja valule maos ning suri enne arsti saabumist.
Boriss Godunovi ootamatu surm, kõhuvalud annavad alust kahtlustada tsaari mürgitamist. Tema surm oli kasulik ennekõike Vale Dmitri I pooldajatele, kelle väed olid tol ajal Moskvale lähenemas.
Rahva seas levis ka kuuldus, et tsaar ise mürgitati meeleheitel, mille põhjustas tema ebapopulaarsus rahva seas, nälg riigis ja poolakate poolt okupatsioon.
Teades Borisi temperamenti, iseloomu, soovi kõrgeima võimu järele, milleks ta oli kõigeks valmis (teda süüdistati Ivan Julma mürgitamises, Ivan IV poja Tsarevitš Dmitri mõrvas) ja mille ta saavutas, muutudes de Venemaa faktiline valitseja Fedor Ivanovitši ajal, võite kahelda Godunovi enesetapu versioonis. Vene rahvas, tema arvamus tsaarist, oli suure tõenäosusega autokraadi suhtes ükskõikne. Ka poolakate edasiliikumine üle kogu riigi ei saanud tsaari hirmutada, sest Venemaa ajaloos oli veelgi hullemaid aegu, meenutagem näiteks mongoli-tatari pealetungi Venemaale.
Ei tohiks unustada, et Godunov oli viimasel ajal sageli haige ja tema surm võis olla autokraadi pika haiguse tagajärg.
